Diversité génétique et mosaicisme: apport des méthodes de réseau

L’accumulation de données de séquences chez les procaryotes pose de nombreux défis aux évolutionnistes. Tout d’abord, la prise de conscience, relativement récente, de l’importance fondamentale des transferts horizontaux dans l’évolution des procaryotes fait que l’approche phylogénétique classique, sous la forme d’un arbre des espèces unique, est sans doute un mauvais descripteur de la diversité. Les génomes procaryotes étant mieux décrits comme des mosaïques génétiques, il paraît prometteur de complémenter cette approche classique par l’exploration de méthodes alternatives, comme les forêts d’arbres ou encore les réseaux évolutionnaires. Par ailleurs, ces transferts se font souvent par l’intermédiaire d’éléments génétiques mobiles, comme les plasmides ou les virus, et il est donc essentiel d’inclure ces objets dans l’analyse pour avoir une vision plus complète de l’évolution. Enfin, la quantité considérable de séquences disponibles impose le développement de méthodes d’analyses pragmatiques, aussi rapides que possible. Cette conférence présentera quelques pistes de réponses à ces questions, en particulier sous la forme d’une nouvelle approche : les réseaux évolutionnaires